Доволі часто справи Межигірського монастиря і козацького війська перепліталися. Інтенсивними були напівофіційні й приватні стосунки між січовою старшиною і межигірськими культовими служителями. У січні 1761 року разом із різдвяними святами Межигірський архімандрит отримав від кошового із Запоріжжя на рясу 100 рублів та від писаря 20 рублів. 28 серпня 1761 року архімандрит Никанор у своєму листі дякував кошовому отаману за 10 кобилиць, жеребця, 10 корів та 4 волів, яких військо надіслало до монастиря. А ще доповідав, що «...на шату для ікони святого Миколая вже купив срібла на 250 рублів, а для позолоти потрібно ще 15 червінців та на плату майстрові ще 45 рублів».
Кошовий отаман Петро Калнишевський у липні 1767 року звернувся до межигірців із проханням побудувати чотири байдаки (два – по 15 саженів та два  – по 11 саженів.) А коли будуть готові всі, то з Києва завантажити на них цвяхи, дрань, крокви, цеглу для спорудження будинку самому Калнишевському. Замовлення, за яке з Хортиці заплачено 248 рублів, було виконане, і 1768 року в Кодак доставлено на чотирьох суднах: драні 10 000, цвяхів - 10 000, цегли 5 500 шт.
У цей час з’явилась на Січі нова посада – начальник січових церков. Ним став Володимир Сокальський, якого пізніше висвятили на Січового архімандрита, в обов’язки котрого входило забезпечення порядку в усіх церквах і монастирях Запорозького Війська Низового, також розподіл коштів та продуктів для монастирів. Кошти, які надходили з Війська Запорозького, складали вагому частину прибутків Межигірського монастиря. Звичайно ж, отримання пожертв теж потребувало певних зусиль і витрат. Треба було, наприклад, відсилати вози із Межигір’я на Січ, платити мито за сіль. У червні 1774 року Володимир Сокальський повідомляє про проблеми запорозькому писарю Івану Глобі: «Я накупив солі і риби в монастир Межигірський, а возів до Межигір’я для забраття оного и по ся пори нет. Чуть ли и будуть – нет никакой вести. Почать разве щепотинить – перепродавать на бариш».
Релігійну практику запорожців визначало те, що вони були свідомі того, що живуть у війську, вважали себе мілітарною корпорацією, з обов’язком воювати і поводитися не так, як мирні селяни-гречкосії.
На Запоріжжі був поширений культ Покрови, так як вірили, що Мати Божа «...единственно для того, дабы она покрывала удалое тое войско от всякого зла, ему часто случавшегося от известных неприятелей...».
Слава про те, що Запоріжжя має великі багатства, до цих земель привертала чималу кількість прохачів, жебраків, ченців, які збирали милостиню. Козацтво складало близько 30 000 чоловік у 1733 р. А останній гетьман України Кирило Розумовський, роки правління якого 1750-1770, запровадив перепис козаків. Їх виявилось 27 117 осіб.
Цінним надбанням для Межигірської обителі і Запорозької Січі був один із останніх діячів братії Межигірського монастиря. Це – Федір Руткевич. Він народився у 1722 р. у містечку Соколівка Брацлавського повіту. Навчався в Києво-Могилянській академії, після закінчення якої 4 травня 1746 року прийшов до Межигірського монастиря. Менше двох місяців пробув послушником і був пострижений у монахи 28 червня під іменем Теодорита. Деякі бажаючі стати ченцями роками могли чекати постригу, а Федору Руткевичу для цього знадобилося всього півтора місяця. Спочатку ченцю Теодориту доручають бути начальником рибалок на Язголовому острові (літо-осінь 1746 р.) Згодом його перевели в монастирську канцелярію в якості помічника писаря (грудень 1746 - лютий 1747 рр.). Саме в лютому йому було довірено стати помічником ієродиякона Веніаміна в поїздці до Глухова для вирішення важливих монастирських справ. Весною і літом 1747 року Теодорит перебував на послушанні в с. Лютіж. У січні-лютому 1748 року знову у Глухові вирішує майнові суперечки з Братським монастирем. Навесні 1748 року керує рибалками вже в угіддях Залозного острова. Півтора року, з літа 1748 р. по осінь 1749 р., завідує у маєтку Межигірського монастиря декількома млинами. Зимою 1749-1750 рр. був палатним у Ме­жигірській обителі – наглядав за коморою, кухнею, пекарнею і трапезною. А 1 лютого 1750 р. 28-річний Руткевич був рукоположений у священики. Духовний собор не міг не помітити організаторських здібностей Теодорита, і в середині липня 1750 року він вперше зайняв місце намісника, тобто став другою людиною у монастирі після Межигірського настоятеля.
У травні 1750 року надають Руткевичу ще більшої честі, посилаючи на Запоріжжя для виконання обов’язків начальника січових церков. Та поки він діставався до місця, як довелось поміняти курс – у Самарській обителі сталася велика пожежа, а перед цим була велика пошесть хвороб. Обитель прийшла в запустіння. Всього дві людини, ієромонах та ієродиякон, залишились у Самарському монастирі, що знаходився на території сучасної Запорізької області і теж перебував під патронатом Війська Запорозького. 
Перебуваючи у Самарському монастирі трохи більше двох років, Руткевич зумів звести нову греблю, млин, нові чернечі келії, монастирську дзвіницю і в червні 1751 р. повернувся у Межигір’я, де відпочити не довелось, бо постійно їздив монастирськими угіддями із ревізіями і вирішував майнові суперечки.
У кінці квітня 1754 року Теодорит Руткевич знову вирушив на Січ на місце начальника церков. Цього разу йому довелось три роки очолювати церковні служби на Січі, що вилилось у будівництво нових келій, амбарів для зберігання зерна й риби, повітки для возів, загону для коней, рублену поварню та паркан, яким була оточена вся територія двора.
До березня 1766 р. в таких самих безперестанних трудах був цей непересічний церковно-монастирський діяч. Навіть коли у 1764 році Межигірський монастир переніс велику пожежу, то сам намісник Теодорит прибув у Київ із Запоріжжя, аби просити милостиню для відродження того, що згоріло. 
1768 року Руткевич повернувся в Межигір’я. На 62-му році життя цей неперевершений монастирський діяч відійшов у засвіти 3 лютого 1784 року.
Не зайвим буде висвітлити деякі сторони стосунків двох основних українських монастирів: Межигірського та Києво-Печерської лаври. В 1734–1750-х роках часто відбувались майнові суперечки між цими обителями за право володіти деякими маєтностями. Наприклад, селяни села Чернин, яке вже на той час кілька десятків років належало Межигірській обителі, зіпсували пасіку в селі Тарасовичі, яким володіла Києво-Печерська лавра (і Чернин, і Тарасовичі – це села, що сьогодні за територіально-адміністративним поділом належали б до Вишгородського району, але так само, як і село Бірки, вони ввійшли до тих чотирнадцяти сіл, які були знищені водами Київського водосховища).
19 червня 1733 р. два мірошники з Ме­жигірського млина на річці Горенка побили дрюками лаврського мірошника і розгромили тамтешній хутір. У квітні 1738 року начальник лаврських рибалок зібрав зі своїх сіл до сорока людей, прийшов з ними на риболовний Межигірський стан, спалив там всі приміщення і всі речі межигірців, завдавши збитку на 108 рублів. У відповідь межигірці зі своїм становим начальником монахом Дем’яном прийшли на Печерські рибні лови, хотіли побити лаврських і гналися за ними на човнах до самого села Тарасовичі.
Під час правління імператриці Анни Іоанівни один із її чиновників, відвідавши Межигір’я, привіз цариці зразки бурштину, знайдені біля монастиря. І відразу ж 14 і 19 березня 1738 р. були видані царські укази щодо пошуків бурштину в Межигір’ї, які тривали до вересня 1738 року. Та знайдене свідчило про мізерність запасів бурштину.
Після смерті імператриці Анни московський престол посіла дочка Петра І Єлизавета. Під час її царювання дещо поліпшилось життя церкви в Україні, очевидно, завдячуючи тому, що чоловіком цариці був Олексій Розумовський, нащадок українських козаків із Чернігівщини. 
У 1744 р. цариця Єлизавета відвідала Україну і була в Межигірському монастирі. Її радо приймав тодішній архімандрит Герасим Завадовський із братією, одержавши від імператриці щедрі дари. 
У лютому 1750 року був обраний останній гетьман України Кирило Розумовський. Ці події заохотили українську козацьку старшину і духовенство до спільних дій, спрямованих на відновлення колишніх прав і привілеїв. Вони надіслали цариці прохання «Про поліпшення стану улюбленої своєї Вітчизни».
Як й інші монастирі, Межигірський в 1750-х став діяльно займатися гутним промислом. На захід від села Лютіж на правому березі річки Ірпінь монахи звели гутний промисел. Вироби були дуже прості – це звичайне скло зеленого кольору. Потужності гута мала слабкі, тому 1774 року монастир здав її в оренду на 40 років, та орендар виявився невдахою, і виробництво скла швидко занепало. А ми сьогодні маємо Гуту Межигірську – невеличке затишне село на місці колишнього промислу, до заснування якого додала сил і частину назви Ме­жигірська обитель.
Наступний імператор Петро ІІІ за рік своєї влади встиг почати секуляризацію монастирів по всій Московщині. Його задум – перевести володіння церковні і монастирські у відання держави, що зміцнить казну і зосередить владу у руках самодержців, залишився недовершеним, адже його дружина, уроджена Софія-Фредеріка-Августа, принцеса Ангальт-Цербстська, в 1762 році, спираючись на підтримку коханців-гвардійців, скинула імператора з престолу і сама стала імператрицею Катериною ІІ.
Цариця-німкеня не відзначалася особливою набожністю, але добре знала, що релігія допоможе їй як засіб впливу на подальше уярмлення народів імперії. А вже через півроку свого правління Катерина ІІ розпочала підготовку до проведення реформ, створивши особливу комісію. В лютому 1764 року цариця підписала маніфест про секуляризацію монастирських земельних володінь. Усі ці церковні землі, що здебільшого належали монастирям, відходили в розпорядження Колегії Економії. Внаслідок цієї реформи у розпорядження Катерини надійшли 8,5 мільйона десятин землі, 910 866 душ селян (тільки чоловічої статі) та більш як півтора мільйона рублів щорічного прибутку. Цією реформою було скасовано 569 монастирів із існуючих 954 по всій території Московії.
У 1764 році Катерина ІІ видала царський маніфест, в якому говорилось, що Кирило Розумовський після 15-річного гетьманування в Україні «добровільно» зрікся гетьманства, а для покращення життя «малороссийского народа» створюється Малоросійська Колегія, яку очолив президент Петро Румянцев у чині генерал-губернатора.
Румянцев уже в травні 1765 року, оцінивши маєтності всіх церков і монастирів в Україні, послав на ім’я цариці свою «Доповідь про різні ради по управлінню Малоросією». В ній він пропонував секуляризацію церковних маєтків в Україні. Катерина ІІ вирішила запропонувати Синоду та українським архієреям викласти свої пропозиції, що передуватимуть реформам.
За своїм змістом поданий українцями в московський Синод документ налічував 74 пункти.У  розділі 2 документа є пункти, складені ченцями Межигірського монастиря, серед яких констатація факту аварійного і ветхого стану всіх церков і будівель в монастирі, які треба ремонтувати і перебудовувати; зверталась увага на необхідність знайти методи укріплення схилів навколишніх гір, бо існує загроза зсувів грунту. Одначе ці пропозиції були покладені «під сукно», бо Комісія Уложення була розпущена у грудні 1768 року через розпочату війну з Туреччиною.
На початку 1700-х років в Україні виникла нова форма антикатолицької боротьби народу, яка носить історичну назву Гайдамацький рух. Одними із основних центрів формування повстанських загонів були Черкащина і Київ та його околиці. Дуже добре для цього підходила місцевість володінь Межигірського монастиря. До того ж межигірські ченці та послушники співчували гайдамакам і нерідко долучалися до гайдамацьких загонів.
Повстанський ватажок Іван Подоляка на допиті в суді засвідчив, що після рейду по польських територіях він повертався човнами по Дніпру зі здобиччю. Допливши до Межигір’я, вони висадились із човнів і сховались у густих лозах під монастирем. Гайдамака із загону Мартина Теслі Василь Товстоног 20 листопада 1750 року давав свідчення на допиті, що 10 років тому він прийшов у Ме­жигірський монастрир, де жив цілий рік, а потім поїхав на Січ із запорожцями. З іншої судової справи над гайдамаками відомо, що в травні 1752 року селяни, які належали Межигірському монастирю, в складі гайдамацького загону спустошили маєток польського шляхтича в селі Демидів.
Київський віце-губернатор Румянцев 19 серпня 1757 року в листі до Києво-Печерського архімандрита просив сприяти розшуку гайдамаків із загону Андрія Крага – п’ятьох запорожців і підданого Межигірського монастиря Павла, мешканця села Лютіж. А 13 та 14 грудня 1768 року з Межигір’я втекло 5 козаків, що перебували в обителі на послушанні, приєднавшись до повстання гайдамаків.
Все перераховане свідчить, що у Ме­жигірського монастиря були досить розгалуджені зв’язки із козацтвом та гайдамацькими об’єднаннями, що чинило небезпеку московській імперії, яка робила постійні спроби підпорядкувати запорозькі церкви і Межигірський монастир Київському митрополиту, а через нього – вищій церковній владі московської імперії.

Геннадій НІКОЛАЄНКО, с. Нові Петрівці, Валентина ОСИПОВА, с. Демидів